El segundo cuerpo de la torre fue obra de Jerónimo Quijano, aunque es del mismo estilo que el anterior sus líneas son más puristas. Cuando finalizaron las obras de este cuerpo, la torre quedó paralizada durante dos siglos debido a la inclinación que comenzó a sufrir. Su interior alberga el Archivo Catedralicio. En la restauración, se limpiaron los paramentos, se cosió y se dotó de iluminación especial la bóveda y los paramentos verticales. En el transcurso, quedaron al descubierto inscripciones parietales de alto interés documental. El pavimento cerámico se repuso bajo el que se instaló un sistema de calefacción radiante. La carpintería de la única ventana se retiró al interior para no incidir en el aspecto general de la torre.

El tercer cuerpo, donde se aloja la Cámara del Reloj, comenzó a construirse en 1765 bajo los cánones del barroco y la dirección de José López. Durante su construcción se solucionó el problema de la inclinación de la torre proyectando una mayor carga de peso hacia el lado contrario. En lo que respecta a las actuaciones de Azuche 88 en este nivel de la torre, cabe destacar que esta pieza se encontró dividida para uso de almacén y contenía la maquinaria del siglo XIX que daba servicio al reloj. Se procedió a la demolición de la separación tabicada, a la limpieza de bóvedas y paramentos y a la instalación de la iluminación de la cámara.

La Cámara de Conjuratorios está instalada en el cuarto cuerpo de la torre. Está formada en el exterior por cuatro templetes coronados por cúpulas piramidales y las efigies de los santos Fulgencio, Leandro, Isidoro y Florentina. El interior de este cuerpo, que sirve como sala de transición en el recorrido de la visita a la torre, es en realidad una capilla circundada por la balconada que corona el perfil exterior del monumento. En su interior se encuentra el arranque de la escalera de caracol en un cilindro. Las obras que realizó Azuche 88 fueron la de limpieza de paramento y bóvedas, instalación de nuevo pavimento cerámico e iluminación indirecta al conjunto. Además, se dotó a este nivel de carpinterías de madera en sus huecos, tal y como las hubo según las huellas de herrajes en la piedra.

El quinto cuerpo de la torre pertenece a la Cámara del Campanero, pertenece al estilo rococó y alberga las veinticinco campanas de la z. Durante las obras, se encontró un potente arco en la caña interior cegado al quedar atravesado por la trayectoria de las antiguas pesas del reloj ubicadas sobre él. Con la intención de recuperar el arco y aprovechar la luz natural, el trayecto vertical de las instalaciones se bifurcó por el intradós del arco, encerrado en un recrecido desmontable que potenció aún más su trazado.

Las rampas del interior de la torre se acondicionaron para hacerla visitable. Con este fin, se suprimió cualquier vestigio de yeso, se consolidó la piedra conservando la textura propia del paso del tiempo, se trataron las bóvedas con morteros de cal y se repuso el pavimento siguiendo el diseño artesanal del original. Cabe destacar que, en las labores de limpieza, surgió bajo la suciedad del paramento la traza completa de una pilastra exterior, descubriendo así los métodos constructivos empleados en el primer cuerpo de la torre; la traza se consolidó y protegió con vidrio securizado para su conservación y contemplación.

Estas obras, promovidas por el Obispado de Cartagena y la Santa Iglesia Catedral, fueron financiadas íntegramente por la administración General del Estado dentro del Plan Nacional de Catedrales, financiado con el uno por ciento cultural.